Il est évident que le régime auto entrepreneur ne convient pas à toutes les activités. Donc, les activités suivantes ne sont pas exclues par le régime mais qui seront difficile à mener dans le régime. Ces activités, dont TVA est irrécupérable, sont peu adaptées au régime.

Les commerces en boutique

Tel est le cas pour les ventes en boutique. Tout d’abord, ce type de vente ou de marché ne possède pas de propriété commerciale. Pour ce commerce, il est indispensable d’immatriculer l’entreprise auprès du RCS ou du RM. Or, les activités exigeant une immatriculation sont exclues du régime auto entrepreneur. Les achats et les dépenses n’étant pas déductibles, le calcul des charges s’effectue toujours en fonction du chiffre d’affaires. L’entreprise effectue ainsi le paiement des impôts et des cotisations au total du chiffre d’affaires.

Les investissements

Comme la TVA est irrécupérable, les investissements ne trouvent pas leur place dans le régime auto entrepreneur. D’autant plus que les entreprises ne sont pas en mesure d’amortir leurs investissements. Par conséquent, cette activité est peu adaptée au régime de l’auto entrepreneur.

Les activités relevant des relations intra-communautaires

Comme l’auto entrepreneur est dans l’obligation d’acquitter la TVA sur les marchandises qu’il importe dans la mesure où celles-ci proviennent d’un autre pays, il ne peut pas pour autant la déduire car cela s’applique déjà sur les opérations effectuées dans le territoire français. La deuxième raison est que l’administration douanière stipule que même si l’auto-entrepreneur n’est pas immatriculé, il doit procéder à un enregistrement au bureau douanier pour un numéro d’immatriculation EORI. Un numéro qui sera valable pour toute l’Union Européenne et identifiera l’auto entrepreneur lors des déclarations d’importation.