Des activités sont exclues du régime auto entrepreneur dans le cas où elles requièrent une immatriculation. Certaines activités ne figurent pas parmi les activités acceptées par le régime micro-fiscal. C’est aussi le cas pour les activités refusées par le régime micro-fiscal simplifié. Dans le premier cas, c'est-à-dire des activités qui exigent une immatriculation, figurent les activités artisanales à titre principal, les agents commerciaux, les entreprises de surveillance, celles du spectacle vivant, les entreprises qui font des activités de transport de marchandises…. Parmi les activités exclues du régime micro-fiscal se trouvent les activités qui relèvent de la TVA immobilière comme les vendeurs d’immobiliers, les agences immobilières et lotisseurs, certains constructeurs sont aussi reniés par le régime micro-fiscal, ainsi que les loueurs d’immobiliers non meublés et ceux qui louent des matériel de consommation durable. Les officiers publics et ministériels sont aussi exclus de ce régime micro-social. C’est le régime micro-fiscal simplifié qui exclut le plus d’activités. Par exemple, celles qui relèvent du domaine agricole et qui sont rattachées au régime social de la MSA telles la culture de céréales, de champignons, de fleurs, de raisins, ou l’élevage bovin, ovin, caprins…. Les vendeurs à domicile indépendants ne sont pas acceptés par le régime micro-social simplifié. Les professions artistiques qui sont rémunérées par les droits d’auteur et qui existent en fonction des Maison de artistes ou de l’Agessa ne sont pas non plus considérés par le régime. Il en est de même pour les personnes dans le RSI mais qui ne sont pas soumises au régime fiscal de l’auto entreprise. Les formateurs à titre occasionnel ne bénéficient pas du régime micro-social simplifié. Certaines activités dans la profession libérale qui relèvent d’une retraite en dehors du RSI ou de la Cipav ne sont pas non plus acceptées.
Pour les activités artisanales, il leur est possible de bénéficier des régimes social et fiscal des auto- entrepreneurs si les entrepreneurs immatriculent les entreprises et optent pour le régime micro-fiscal simplifié. Un artiste auteur n’est pas autorisé à être auto entrepreneur sauf s’il exerce dans une autre activité pour son auto entreprise. Un auteur ne peut exercer en auto entreprise en tant que tel mais par exemple il oriente son entreprise dans un cours ou atelier d’écriture.